21 kwietnia 1547 r. biskup poznański Benedykt Izdbieński erygował szpital i kaplicę pw. Świętego Ducha, którą wybudowano dzięki hojności i ofiarodawstwie hrabiny Anny Mińskiej. Hrabina była dziedziczką wsi Pniewnik (obecna Wólka Mińska). Uposażyła szpital łanem roli, dodatkowo biskup dołożył dziesięcinę. Na utrzymanie kaplicy i szpitala zamożni gospodarze składali daniny. Opiekę duszpasterską nad chorymi sprawowali kapłani z parafii Najświętszej Marii Panny w Mińsku Mazowieckim. Opiekę pielęgniarską nad chorymi sprawowały siostry zakonne. Do 1950 roku szpital i kaplica były pod patronem Świętego Ducha. Po roku 1950 patronem szpitala został Jędrzej Śniadecki, natomiast kaplica szpitalna została pw. Świętego Ducha.

Figurka Matki Bożej pierwotnie mieściła się w ołtarzu kaplicy. Obecnie umieszczona jest w zakrystii. W trakcie powstania nowego ołtarza umieszczono obraz Matki Bożej Nieustającej Pomocy, który aktualnie znajduje się w nawie bocznej ołtarza.

Kolejnym obrazem w ołtarzu była reprodukcja dzieła „Wskrzeszenie córki Jaira” Ilja Riepin (1844-1930) oryginał znajduje się obecnie w muzeum rosyjskim Sankt Petersburgu. Obraz ten wisiał w ołtarzu głównym do 2004 r. (obecnie usytuowany jest w nawie bocznej).

Krzyż umieszczony w górnej części ołtarza został zakupiony w 1914 roku. Informacja ta pochodzi z skrzynki umieszczonej za plecami Pana Jezusa, otwartej podczas renowacji krzyża w roku 2008. Koszt odnowienia w całości pokrył Władysław Szymański, proboszcz parafii w Kałuszynie, ówczesny dziekan parafii Narodzenia Najświętszej Marii Panny w Mińsku Mazowieckim.

Pierwszą relikwią, która trafiła do kaplicy była Bł. Ks. Michała Sopoćki. Był On kierownikiem duchowym św. Faustyny Kowalskiej apostołki kultu Bożego Miłosierdzia. Urodził się 01.11.1888 r. w powiecie Oszmiańskim, obecnie znajdującym się na Białorusi. Pracował jako profesor oraz ksiądz w Wilnie, Warszawie oraz Białymstoku. Dzięki staraniom ks. Sopoćki kult Bożego Miłosierdzia rozszedł się na cały świat.

W dniu 28.09.2008 roku pracownicy szpitala wraz z księdzem Konradem Hasiorem uczestniczyli w beatyfikacji ks. Michała Sopoćki. Obchody uroczystości miały miejsce przy grobie w Sanktuarium Miłosierdzia Bożego w Białymstoku. Tam też z rąk biskupa została przekazana szpitalowi relikwia ks. Michała Sopoćki. Potwierdzenie wiarygodności relikwii znajduje się w posiadaniu kaplicy.

Relikwie św. Faustyny przybyły 19.06.2009 roku. Ich otrzymanie związane było z wcześniej posiadanymi relikwiami bł. ks. Michała Sopoćki. W związku ze ścisłą współpracą s. Faustyny i ks. Sopoćki w szerzeniu Miłosierdzia Bożego św. oficjum wydało pozytywne orzeczenie na prośbę o otrzymanie relikwii spowiednika s. Faustyny. Relikwie zostały odebrane w Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Łagiewnikach, w drodze powrotnej pielgrzymki z Medjugorje.

Relikwie bł. ks. Ignacego Kłopotowskiego ofiarowały siostry Loretanki podczas beatyfikacji w Warszawie. Siostra przełożona podarowała relikwiarz błogosławionego w podziękowaniu za opiekę nad chorymi siostrami przebywającymi w mińskim szpitalu. Pierwszymi krokami ks. Kłopotowskiego po ukończonym seminarium była posługa kapelana szpitalnego. W związku z powyższym siostry uznały, że kaplica szpitalna będzie najbardziej wymownym miejscem dla relikwii bł. ks. Ignacego Kłopotowskiego.

Sanktuarium św. Rity w Cassi pracownicy szpitala odwiedzili podczas pielgrzymki do Włoch w 2011 roku. Tam też zrodziło się pragnienie posiadania relikwii w kaplicy. W roku 2013 szczególny relikwiarz, ze szczątkami patronki od spraw trudnych i beznadziejnych dostarczony został przez zapoznanego podczas pielgrzymki Zakonnika.

Pierwsze błogosławieństwo Jana Pawła II dla pracowników ze szpitala z Mińska Mazowieckiego miało miejsce podczas prywatnej audiencji na pielgrzymce w Watykanie w 1987 roku. Kolejne błogosławieństwo dla pracowników mińskiego szpitala odbyło się podczas pielgrzymki do Lichenia w 1999 roku. 1.05.2011 roku podczas pielgrzymki na beatyfikacje Jana Pawła II pielgrzymi z mińskiego szpitala otrzymali relikwię drugiego stopnia z cząstka ornatu.

Pojawienie się w kaplicy relikwii Dzieci Fatimskich związane jest z przystąpieniem pracowników szpitala do Nowenny Fatimskiej ogłoszonej przez ojca św. Benedykta XVI. Nowenna ta trwała od 2009 r. do 2017 r. Po raz pierwszy pielgrzymka do Fatimy odbyła się w 2010 r. Kolejna miała miejsce w roku 2017 podczas kanonizacji Hiacynty i Franciszka Moro. Po powrocie z pielgrzymki wystąpiono z prośbą o relikwie.

Franciszek i Hiacynta to dzieci, którym w roku 1917 objawiła się Matka Boża, objawienia te miały miejsce każdego 13 dnia miesiąca od maja do października. Maryja prosiła w nich szczególnie o podejmowanie modlitwy różańcowej, postu w intencji nawrócenia grzeszników, nawrócenie Rosji.

Kapelani szpitala:

• Robert Mikusek [2003-2009]
• śp. ks. Tadeusz Zieliński [2009-2019]
• Marcin Borządek [w epidemii]
• Karol Grabowski [2020-2023]
• dr Jacek Kołak [od 26.08.2023 r.]